办公室
归口管理中心内外部沟通、联络；负责中心政治工作、行政管理、文化活动、外事任务、安全保密管理、法律事务、综合保障的安排与实施；负责中心党务会议、办公会议、重大活动的管理与实施；负责中心文件、资料、邮件、报刊、杂志的收发工作和行政文件档案管理；负责中心物资保障、设备设施、工作环境管理；负责中心印章、资质管理；负责认证审核和软件评价档案管理；负责中心信息化建设和信息管理、报送；负责中心财务管理；负责中心大事记、社会责任、信息宣传和声像资料管理；科研课题归口管理；承办《新时代认证》杂志编辑和发行；负责认证证书管理; 承办上级交办的其他事宜。
军用标准认证事业部
负责军用标准审核技术管理和相关体系文件的编制；组织开展武器装备质量管理体系相关技术研究；收集相关法律法规、标准；协助装认委秘书处办理武器装备质量管理体系认证受理；组织武器装备质量管理体系认证审核策划与实施；评审并呈报武器装备质量管理体系审核报告；定期汇总分析武器装备质量管理体系认证情况并向相关部门报告；负责武器装备质量管理体系认证获批组织其他体系的认证策划和实施；承办上级交办的其他事宜。
国家标准认证事业部
负责国家标准审核技术管理和相关体系文件的编制；组织开展国家认证认可制度、规范和国家标准审核相关技术研究；收集相关法律法规、标准；拓展国家标准认证领域；负责认证市场开发、合同评审与签订、审核策划与实施；办理认证决定审议；定期汇总分析国家标准管理体系认证情况并向相关部门报告；归口管理各分部; 承办上级交办的其他事宜。
军用软件评价部
负责军用软件研制能力评价相关规章制度制定；编制评价工作计划，组织实施现场评价，监督现场评价，考核评价人员；组织现场评价结果审查；组织评价员、内部评估员培训；跟踪研究国际软件评价先进技术，开展技术交流；组织评价相关科研工作; 承办上级交办的其他事宜。
资源部
负责根据中心发展战略，规划完善人力资源建设；组织中心工作人员和审核人员招聘、劳动关系、培养晋升、监督考核管理；组织实施人员能力评定和资格维护；组织薪酬核定和奖惩管理；实施中心认证领域及业务范围管理; 承办上级交办的其他事宜。
培训部
负责收集内、外部培训需求，编制内、外部培训计划，组织实施内、外部培训；开展课程开发，编制培训教材；相关课程上报评定；实施教师培养、使用、监督、评价考核和资格保持管理；开拓培训业务新领域; 承办上级交办的其他事宜。
监督部
负责收集汇总分析装备质量信息；协调认可评审及相关事宜；策划并维护中心管理体系，筹划实施中心内审和管理评审；负责专项审核；对中心整体运行和认证审核全过程进行监督；开展认证组织满意度调查并分析处理；接受申诉、投诉并协调处理; 承办上级交办的其他事宜。
财务部
贯彻落实国家和军队有关财经法规制度；对中心的财务、资金、成本、费用等进行宏观管理；核算管理中心的各项经费收支及资产变动情况，并定期对财务状况进行分析；组织中心内部收支预算的编制，控制费用支出，合理使用资金；编制会计报表及相关的收支统计报表；及时计算缴纳各种税款；健全中心内部财务运作规范和经济责任制度并实施监督检查；组织内外部财务审计和税务审计；编制中心年度财务运行状况报告；其他有关的财务工作。
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